Software


De identificatie van schimmels, die infecties veroorzaken, is niet altijd even gemakkelijk.
Terwijl er schimmels zijn, die in histologische preparaten, herkenbare structuren vormen, zijn er ook schimmels die een aspecifiek beeld geven en niet direct kunnen worden geïdentificeerd.

Zelfs na isolatie kunnen schimmels soms moeilijk worden geïdentificeerd door beperkte groei of afwijkende morfologie.
We ontkomen er dan niet aan om enkele moleculair biologische technieken toe te passen.

Barcoding van schimmels is een onderdeel van het onderzoek binnen het 'Westerdijk Fungal Biodiversity Institute'. Deze databank is openbaar toegankelijk en zijn ook te vinden in andere databases, zoals Genbank.

Al deze sequenties worden gebruikt voor de taxonomie en uiteindelijke identificatie van schimmels. Hiervoor kunnen allerlei programma's worden gebruikt, die op het internet zijn te vinden als standalone software of webportals.
Een nadeel is, dat verschillende websites moeten worden gebruikt en data ge-upload. Veel websites beperken ook de grootte van de dataset, dat kan worden gebruikt. Dat hoeft niet per sé een beperking te zijn.

Een 'pairwise comparison' van een onbekende schimmel tegen de Genbank database bijvoorbeeld geeft snel resultaat. Er zijn echter soorten binnen een genus met weinig variatie in de barcode.
Men ontkomt er dan niet aan een cladogram te maken van 'alle' bekende soorten binnen dat genus om een goed beeld te krijgen van het cluster met de 'onbekende' schimmel en uiteindelijk tot een goede identifcatie te komen.

 

 

 

Het gebruik van dit programma is te leren via een kleine cursus op deze website.

 


Overige fylogenie software.